Необходимо проверить настройки газового клапана. Возможно, что минимальное давление на горелке ниже паспортного. Дополнительно следует проверить правильность установки и чистоту электрода контроля пламени. 
Возможная логика. При минимальной мощности (не важно, в каком режиме) плата не видит пламя из-за слишком малого пламени, грязного или неправильно выставленного электрода. В режиме ГВС котел, как правило, работает на мощности, превышающей минимальную. А в режиме отопления котел стабильно заканчивает свою работу перед отключением горелки на минимальной мощности. Для первичной проверки можно просто отсоединить один провод модулятора (совет не относится к котлам серий Eco Classic и Eco Nova).